Движущая идея иллюминатов естественным образом противопоставляла их властям и церкви. Не исключено, что создание Иллюминатов было частью личной борьбы воспитанного в детстве иезуитами Вейсгаупта против церкви, глава которой, папа римский Климент XIV, в 1773 году своей буллой запретил Иезуитский орден.
В начальный период своего существования общество привлекало новых членов из числа профессоров Ингольштадтского университета. Вскоре этот ресурс был исчерпан: в Орден вступили все профессора за исключением двух. Вейсгаупт переключается на внешние источники. Тем не менее, Орден рос медленно.

В 1777 Вейсгаупт вступил в Мюнхенскую масонскую ложу. Однако привлечение в Орден большого количества масонов и бурный рост стали возможными главным образом благодаря деятельности барона Ксаверия фон Цвака. В 1782 году, в результате Вильгельмсбадского конгресса, проведённого масонами с целью сближения позиций, многие ложи, видимо, попали под влияние иллюминатов, обеспечив дополнительный приток кандидатов в члены Ордена.
Быстрый рост привлёк внимание властей и вызвал подозрения. К этому времени, внутри Ордена оформились противоборствующие течения, усугубленные личной неприязнью. Орден сотрясали многочисленные скандалы, вызванные адюльтерами, воровством и обманом среди иллюминатов. Сам Вейсгаупт имел связь со своей двоюродной сестрой, в результате чего она забеременела.
Значительную часть усилий Вейсгаупт был вынужден уделять поддержанию своего авторитета и наведению порядка в разрываемом противоречиями Ордене. В 1784 году конфликт между Вейсгауптом и его правой рукой, бароном фон Книгге привёл к тому, что фон Книгге покинул Орден и за ним последовали некоторые другие.
Фон Книгге был недоволен положением Вейсгаупта, имеющего практически неограниченную власть. Надо отметить, что расцвет Ордена во многом произошёл именно благодаря организаторским талантам фон Книгге. Вейсгаупт, в свою очередь, был недоволен все более глубоким погружением фон Книгге в мистику и оккультизм.
Ушедшие нарушили конспирацию и опубликовали ряд памфлетов об иллюминатах. Естественно, что в Баварии, известной в тот период своим религиозным и государственным консерватизмом, последовали жёсткие санкции. После проведения ряда обысков и изъятия образцов идеологической литературы, иллюминаты, как и тайные общества вообще, были запрещены сначала властями, а затем и церковью. Тем не менее, иллюминаты ещё какое-то время продолжали своё существование, несмотря на то, что в 1787 году вербовка в Орден была объявлена преступлением, наказуемым отсечением головы. До сих пор не существует убедительных доказательств, что в тот период Орден окончательно распался, а не ушёл глубже в подполье.
Вейсгаупт до своей смерти в 1830 году жил в изгнании, всё это время ведя полемику в защиту иллюминатов.
В 1896 году Орден был официально возрождён в Дрездене. Ныне существует несколько организаций, утверждающих что они являются духовными и идейными наследниками Вейсгаупта и баварских иллюминатов(в том числе и в России). Деятельность баварских иллюминатов нашла также своё отображение в поп-культуре.
Теории заговора
С баварскими Иллюминатами и тайными обществами вообще связывалось множество теорий заговоров. Чаще всего в качестве мотивации тайных обществ приводится жажда мирового господства, тотального контроля над людскими, научными и финансовыми ресурсами.
В 1797 году священник Огюстин де Барюэль опубликовал книгу «Мемуары к истории якобинства» (фр. Mémoires pour servir à l’Histoire du Jacobinisme), описывающую глобальный заговор с участием множества тайных групп (которые координировали Иллюминаты), результатом которого стала Французская революция. Дальнейшей целью де Барюэль предполагал уничтожение христианства, государства и общества как такового. В числе замешанных групп были названы Розенкрейцеры, Тамплиеры и Якобинцы. Де Барюэль охарактеризовал Вейсгаупта как «мерзостный каприз природы» и всю ответственность за деятельность тайных обществ возложил на него.
Почти одновременно, но независимо от него, бывший шотландский масон и профессор натур-философии в Эдинбургском университете Джон Робисон начинает публиковать книгу «Доказательства тайного заговора против всех религий и правительств Европы» (англ. «Proofs of a Conspiracy Against all the Religions and Governments of Europe»). Прочитав книгу де Барюэля, он начинает цитировать его в своём трактате. Робисон доказывал существование заговора с целью заменить все религии гуманизмом и создать единое мировое правительство.

Сторонники теории заговора указывают также на причастность иллюминатов к революции 1917 года в России. Указывают также на совпадение дат широко отмечаемого праздника Первомая и даты основания Ордена.
Существует также версия, что многие отцы-основатели США, будучи масонами, были также иллюминатами. На обратной стороне государственной печати США есть изображение недостроенной пирамиды со Всевидящим Оком, символом иллюминатов, над ней. Пирамида окружена надписями лат. Annuit Coeptis (он содействовал нашим начинаниям, или время начала) и Novus ordo seclorum (новый мировой порядок). Дата, лежащая в основе пирамиды на Большой Печати Соединенных Штатов, написана римскими цифрами «MDCCLXXVI» — 1776 — год принятия Декларации Независимости США. Аналогичное изображение есть и на однодолларовой купюре. Но согласно этой версии, увековечили 1 мая 1776 года — дату основания общества Иллюминатов. При этом обычно забывают, что первый проект печати был предложен ещё 4 июля 1776 года сразу после провозглашения независимости от Англии тринадцати штатов. Маловероятно, чтобы всего за два месяца новая тайная организация успела получить столь большое влияние на таком большом расстоянии.